3、轨道设置
如果视频中已经包括有音频，它还可以选择是保留还是不保留该音频！如果要去掉原有的音频，先在文件列表中选中该视频文件，然后在下面的Tracks列表中将音轨前的勾去掉即可。这样的功能要比OGM方便得多！
所有的轨道都可以加上语言类型、标题、作者等标示，先选定某个轨道，然后在下面“Track Options”处的“Language”下拉列表中进行选择。在字幕或声音不同步的情况下，还可设置声轨和字幕播放的延时时间，可将延时数值填入Delay后的文字框（单位为毫秒）。
4、文件分割
如果想将合并好的MKV文件刻入光盘，而最终合并好的文件可能超过光盘的容量的话，你可以对文件进行分割。选择“Global（全局）”选项卡，在其中的“Split（分割）”栏中勾选“Enable splitting（进行分割）”，分割有两种方式：“by size（按文件尺寸）”、“by time（按时间）”，这里当然应该按尺寸，具体的尺寸可从后面的下拉列表中选择。
5、输出
界面中的其它选项卡都是无关紧要的，可以不管。最后，在下面的“Output filename（输出文件名）”处设置输出文件的路径及名称后，点击“Start Muxing（开始合并）”按钮输出MKV文件。另外，Mkvtoolnix也可用于分离MKV文件，只要将MKV文件导入，再将每个码流单独命名输出就行了。
MKV的转换
Mkvtoolnix不能将ASF、WMV合并到MKV中，这个任务要由asf2mkv recorder 完成。运行asf2mkv recorder，在软件窗口的地址栏中输入源文件的完整路径（也可复制），然后单击“Record！”按钮，会弹出另存为对话框，在其中设置好MKV文件保存的路径及名称后即可输出MKV文件。
asf2mkv recorder只是简单的将ASF、WMV文件转换成MKV文件，不能合成多种音频，更不能合入字幕。不过，这种包含Windows Media的MKV文件已经可以用Mkvtoolnix进行处理了，要做到这些自然也不困难。
MKV Video Converter视频转换器是一款易于使用的MKV视频转换软件，可以帮助您转换MKV到AVI，MKV到iPod，MKV到DVD，并且转换出优秀的图象和声音。通过指定对话的起止时间你就可以剪切DVD的任意一个部分来制成MKV录像。
该MKV转换工具，也支持MPEG, MP4, MOV, WMV, WAV, VCD, VOB, PSP etc to MKV(Matroska Video)文件。
MKV的采集
目前可做MKV格式视频采集的程序有两个，一个是VirtualVCR，一个是Media Player Classic，其中以前者的功能最为强大。Virtual VCR带有功能完善的电视调谐器，可方便的采集包括电视在内的模拟视频源。
（1）VirtualVCR-Matroska
用普通的VirtualVCR版本是不能采集MKV视频的，必须使用VirtualVCR-Matroska版，这是一个绿色软件，直接用WinRAR解压出来就可以使用了。
（2） 设置采集设备
运行VirtualVCR，在其主界面工具栏中单击设置按钮，会弹出“Settings”对话框，首先选择“Devices（设备）”选项卡，在“Device Selection”栏中选择视频（如Philips Proteus7130电视卡）及音频采集设备。然后选择“Video Source（视频源）”，共有三个选项“Video Tuner”即电视调谐器，“Video Composite”即AV复合端子，“Video SVideo”即S端子，如果要采集电视就选择“Video Tuner”。
（3）设置电视调谐器
如果采集电视，要对电视调谐器进行设置。选择“Tuner”选项卡，单击“TV Tuner Device（电视调谐设备）”按钮，会出现电视调谐器属性面板，在这里要设置好电视接收的国家代码（中国为86）及视频制式，视频制式可选择PAL-B。完成然后回到“Tuner”选项卡中，单击“Scan”按钮，开始扫描电视频道。扫描出的电视频道会出现在左边的列表中，双击某个数字就会播放某个频道。这一步只在采集电视节目时需要设置，如果采集来自AV端子和S端子的视频则无需理会这里的设置。
（4）视频参数设置
选择“Video”选项卡，首先选定“Use Custom Settings”复选框，然后设置其“Frame Size（帧尺寸）”，尺寸及视频的分辨率，可根据机器的性能来设置，如果机器的性能强劲，可设置为640×480（由于电视的质量不太高，更高的分辨率意义并不大）。“Frame Rate（帧率）”决定了视频是否连贯，一般在25FPS就行了。
下面的“Use Compression”也应该勾选，这样你就可以使用MPEG-4类的Codec来进行编码了。视频Codec建议选择DivX Pro 5.1.1，它的编码速度要比同类的Codec快一些，这样可保证尽量少掉郑点击“Prop”按钮可设置编码Codec的参数，主要是码率的设置，一般根据画面的分辨率来设置就行了，但如果采用较高分辨率，还需要将画面做消除interlace（隔行）处理，但这需要你的电脑非常强劲才行。
（5）音频参数设置
选择“Audio”选项卡，选定其中的“Capture Audio（采集音频）”和“Compress Audio（压缩音频）”两个复选框，然后“Compress Audio”选择合适的音频编码。因为是实时采集，它对音频编码的要求比较苛刻，MP3肯定不行，因为它会用很多CPU资源。最好使用Windows Media Audio V2，参数设置为44.1KHz，64~128Kbps，Stereo，这样可兼顾音频文件的质量、速度与体积。
（6）文保存设置
最后选择“File”对话框，设置采集文件的名称及保存的路径。“Setting”对话框中还有一个“Stop”选项卡是用于设置采集的停止条件的（如时间和剩余硬盘大小）。所有的设置完成后，即可回到主界面进行采集。
（7）采集MKV视频
在主界面中单击工具栏“录制”按钮，即可进行采集，采集时你可按下工具栏中的“Toggle Stats”按钮，打开“Stats”面板，查看有关的采集数据，如非常关键的丢帧数量，丢帧数量通常应该在总帧数的2~3%以下，否则会让人觉得很不流畅。如果丢帧太多，可适当降低采集参数（分辨率、码率）。